Согласно п. 6 ст. 346.25 НК РФ организации и предприниматели, применявшие УСН, при переходе на общий режим налогообложения принимают к вычету суммы НДС, предъявленные при УСН по товарам (работам, услугам, имущественным правам), которые не были отнесены к расходам, вычитаемым из налоговой базы. Этим же пунктом установлено, что НДС принимается к вычету в порядке, предусмотренном главой 21 НК РФ для плательщиков НДС.

В письме от 30.12.2015 № 03-11-06/2/77709 Минфин России разъяснил этот порядок.

Финансовое ведомство указало, что согласно п. 2 ст. 171 НК РФ и п. 1 ст. 172 НК РФ суммы НДС по приобретенным товарам (работам, услугам) подлежат вычету при использовании этих товаров (работ, услуг) в операциях, облагаемых НДС, при наличии счетов-фактур и соответствующих первичных документов.

Принимая во внимание эти нормы, НДС, относящийся к товарам (работам, услугам), приобретенным при УСН, принимается к вычету в том налоговом периоде (квартале), в котором организация перешла на общий режим налогообложения. Вычету подлежит налог по товарам, приобретенным как для перепродажи, так и для использования в производственной деятельности. При этом должны быть выполнены вышеназванные условия (использование в налогооблагаемых операциях, наличие счетов-фактур и первичных документов).

Ранее Минфин России придерживался аналогичной точки зрения (письма от 20.03.2014 № 03-11-11/12249, от 04.04.2013 № 03-11-06/2/10983).

Подробнее о вычете НДС при переходе с УСН на общий режим налогообложения см. в справочнике "Упрощенная система налогообложения".