Счет-фактура по товарам, приобретенным для операций, освобождаемых от НДС, в журнале не регистрируется.
В письме от 15.05.2014 № 03-07-09/22908 Минфин России рассмотрел вопрос о том, должен ли покупатель в журнале учета полученных и выставленных счетов-фактур регистрировать счета-фактуры по товарам, которые он приобрел для операций, освобождаемых от НДС на основании ст. 149 НК РФ.
Финансовое ведомство разъяснило, что такие счета-фактуры покупателю не нужно регистрировать в журнале. Это следует из пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ, согласно которому налогоплательщик обязан составлять счета-фактуры, вести журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж при совершении операций, признаваемых объектом налогообложения НДС, за исключением операций, освобождаемых от налогообложения в соответствии со ст. 149 НК РФ.
Подробнее о ведении журнала учета счетов-фактур см. справочник "Налог на добавленную стоимость".