Организация осуществляла лицензируемую деятельность, освобождаемую от обложения НДС по п. 3 ст. 149 НК РФ. В течение нескольких дней квартала у налогоплательщика отсутствовала лицензия в связи с ее переоформлением. Причем организация обратилась за переоформлением документа заранее, не дожидаясь истечения срока действия лицензии. Однако данный процесс затянулся по причинам, не зависящим от налогоплательщика. Несмотря на это инспекция доначислила налог, посчитав, что условия применения льготы по НДС нарушены. Ведь подлежащие лицензированию виды деятельности, перечисленные в п. 3 ст. 149 НК РФ, освобождаются от НДС только при наличии лицензии у налогоплательщика (п. 6 ст. 149 НК РФ). Суд мнение налогового органа не поддержал, отметив, что, во-первых, период отсутствия лицензии в данном случае был незначительным. К тому же налоговая база по НДС определяется за квартал (ст. 163 НК РФ). В соответствующем квартале организация располагала лицензией. А расчет налога за отдельные дни квартала противоречит нормам НК РФ. Во-вторых, организация предприняла все меры для своевременного получения новой лицензии, а именно – обратилась за ее переоформлением загодя. Помимо этого, организация не могла приостановить деятельность на срок оформления документа в связи со спецификой деятельности. Таким образом, перечисленные обстоятельства позволяли налогоплательщику применять освобождение от уплаты НДС в спорный период. Такие пояснения приведены в постановлении ФАС Уральского округа от 05.06.2014 № Ф09-3269/14.
Отметим, что не все суды разделяют подобную позицию. О тенденции споров по данному вопросу см. статью-рекомендацию справочника "Налог на добавленную стоимость".