По общему правилу покупатель, перечисливший продавцу аванс в счет предстоящей поставки, может заявить НДС по нему к вычету. Принятый к вычету "авансовый" налог покупатель должен восстановить в том налоговом периоде, в котором НДС по приобретенным товарам подлежит вычету (пп. 3 п. 3 ст. 170 НК РФ). Возможны ситуации, когда финансирование работ по договору производится в соответствии с годовым графиком путем перечисления авансовых платежей. При этом уплаченный аванс засчитывается в счет принятых по каждому этапу работ в размере 50% их стоимости, а оставшаяся часть оплачивается отдельным платежом. В такой ситуации возникает вопрос, в каком объеме нужно восстанавливать НДС: полностью, в размере, ранее принятом к вычету, или же исходя из "погашенной" части аванса? Аналогичную ситуацию в постановлении от 10.02.2014 № А12-12139/2013 рассмотрел ФАС Поволжского округа. Суд указал, что на основании пп. 3 п. 3 ст. 170 НК РФ налог с аванса необходимо восстанавливать в размере, в котором он ранее был принят к вычету. При этом частичное восстановление НДС исходя из условий гражданско-правовой сделки не соответствует требованиям норм главы 21 НК РФ. Аналогичные выводы содержатся в постановлениях ФАС Волго-Вятского округа от 05.12.2011 № А82-636/2011, ФАС Дальневосточного округа от 05.03.2012 № Ф03-627/2012, ФАС Московского округа от 22.08.2013 № А40-4375/13-116-7.

Подробнее о восстановлении "авансового" НДС см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".