Повышающие коэффициенты применяются только к сумме транспортного налога, уплачиваемого по итогам года.
Напомним, что налогоплательщики-организации, помимо суммы транспортного налога, за год уплачивают и авансовые платежи за первый, второй, третий квартал, если законодательством субъекта РФ не предусмотрено иное (п. 2 ст. 363 НК РФ). При этом с 01.01.2014 налог в отношении легковых автомобилей, стоимость которых превышает 3 млн рублей, исчисляется с применением повышающих коэффициентов (абз. 3 п. 2 ст. 362 НК РФ). В письме от 24.03.2014 № БС-4-11/5316 ФНС России проинформировала, как данные коэффициенты следует применять. Так, налоговое ведомство указало, что транспортный налог уплачивается по итогам налогового периода, которым является календарный год. При этом сумма налога, подлежащая перечислению в бюджет, определяется как разница между исчисленным налогом и суммами авансовых платежей, уплаченных за налоговый период (п. 2 ст. 362 НК РФ). В связи с этим коэффициенты необходимо применять только к сумме налога, уплачиваемой по итогам года.
Подробнее об исчислении суммы транспортного налога см. Справочник "Транспортный налог".