Согласно п. 2 ст. 173 НК РФ налогоплательщик не может получить возмещение НДС, если декларация подана им позже трех лет после окончания налогового периода (квартала), в котором возникло право на вычет. Ссылаясь на данную норму, инспекция отказала организации в возмещении налога НДС, когда та представила уточненную декларацию по НДС за пределами указанного срока. Однако суд поддержал налогоплательщика, пояснив, что подача "уточненки" по истечении трехлетнего периода еще не означает утрату права на возмещение НДС. Свои выводы ФАС Московского округа в постановлении от 27.02.2014 N Ф05-858/2014 пояснил следующим. Если в уточенной декларации заявлены те же вычеты, что и в первичной декларации (или в ранее представленной "уточненке"), поданной в надлежащий срок, считается, что срок обращения за возмещением налога не пропущен. При этом налоговый орган в подобной ситуации может возместить НДС лишь в сумме, не превышающей заявленную к возмещению по ранее представленной в пределах трехлетнего периода отчетности.

Подробнее о возмещении НДС при подаче уточненной декларации см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".