По общему правилу суммы, связанные с оплатой товаров (работ, услуг, имущественных прав), увеличивают налоговую базу по НДС. Их перечень приведен в ст. 162 НК РФ. При этом неустойка, выплаченная за нарушение договорных обязательств, в указанной норме не поименована. В то же время она выплачивается в рамках договора, в соответствии с которым поставляется товар (оказывается услуга, исполняется работа). Таким образом, возникает вопрос, связана ли она с оплатой товаров, и нужно ли ее включать в налоговую базу по НДС. В постановлении от 24.02.2014 № Ф05-17712/2013 ФАС Московского округа напомнил, что под неустойкой понимается денежная сумма, которую в соответствии с законом или договором необходимо уплатить в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения своих обязательств (п. 1 ст. 330 ГК РФ). То есть, она является одним из способов обеспечить исполнение обязательства (п. 1 ст. 329 ГК РФ), а не суммой, связанной с оплатой товаров (работ, услуг, имущественных прав). В связи с чем неустойку не нужно включать в налоговую базу по НДС.

Подробнее об особенностях определения налоговой базы продавца и покупателя, получивших неустойку от контрагента, см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".