Согласно п. 1 ст. 83 НК РФ организации, в состав которых входят обособленные подразделения, подлежат постановке на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого обособленного подразделения.

Следовательно, если у организации несколько обособленных подразделений на территории, подведомственной одному налоговому органу, то каждое подразделение состоит на учете в этом налоговом органе.

Согласно п. 2 ст. 230 НК РФ организации, имеющие обособленные подразделения, представляют расчет по форме 6-НДФЛ в отношении работников этих подразделений в налоговый орган по месту учета таких подразделений.

Из данной нормы не вполне ясно как представлять расчет (общий или отдельно по каждому подразделению), если обособленные подразделения состоят на учете в одном налоговом органе.

В письме от 28.12.2015 № БС-4-11/23129@ ФНС России  разъяснила, что расчет по форме 6-НДФЛ заполняется отдельно по каждому обособленному подразделению независимо от того, что эти подразделения состоят на учете в одном налоговом органе.