Такой вывод сделал ФАС Волго-Вятского округа в постановлении от 13.12.2013 № А79-13124/2012. Суд обосновал это тем, что использование факсимильной подписи допускается, только если это закреплено законом или соглашением сторон (ст. 160 ГК РФ). Однако налоговое законодательство (а именно ст. 169 НК РФ, регулирующая порядок оформления счетов-фактур) не предусматривает использования факсимиле. В связи с этим, если в счете-фактуре проставлена факсимильная подпись, то вычет НДС по нему неправомерен.

Подробнее о тенденции вопроса о том, можно ли заявлять вычет по счету-фактуре с факсимильной подписью, см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".