Работодатели обязаны освобождать сотрудников от работы для прохождения диспансеризации (ст. 185.1 ТК РФ). Для этого необходимо написать письменное заявление в произвольной форме и согласовать его с работодателем. Такое согласие подтверждается приказом. Подробнее читайте в Справочнике кадровика.
В период диспансеризации за сотрудником сохраняется рабочее место и средний заработок. Средний заработок облагается НДФЛ и страховыми взносами.
О том, как рассчитать средний заработок за период диспансеризации в программах "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3) и "1С:Бухгалтерия 8" (ред. 3.0), читайте в актуализированной статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":