По условию примера офис запрашивает у магазинов остатки. Вы реализуете отправку запроса всем магазинам или одному выбранному.
В информационной базе Офис вы создадите объект конфигурации Сервис интеграции, взаимодействующий с севером. Под управлением этого сервиса интеграции будут работать два канала. По каналу ИзОфиса сообщения из офиса будут уходить в магазины, а по каналу ВОфис сообщения будут поступать в офис.
В информационной базе Магазин вы сделаете симметричную настройку: по каналу ИзМагазина сообщения из магазина будут уходить в офис, а по каналу ВМагазин — поступать в магазин.