Ответ:

В программе "1С:Бухгалтерия 8" (ред. 3.0) начисленные пени (штрафы) отражаются вручную документом "Операция":

1. Меню: Операции – Операции, введенные вручную (рис. 1).
2. Кнопка "Создать", выбрать "Операция".
3. В поле "От" укажите дату начисления пеней. Если пени начислены по результатам проверки, укажите дату вступления в силу решения налогового органа. Если пени начислены организацией самостоятельно, укажите дату их расчета.
4. В поле "Дебет" выберите субсчет 99.01.1 "Прибыли и убытки по деятельности с основной системой налогообложения" и субконто к нему "Причитающиеся налоговые санкции".
5. В поле "Кредит" выберите субсчет расчетов по налогу, по которому начисляются пени (например, субсчет 68.02 "Налог на добавленную стоимость") и субконто к нему "Пени: доначислено/уплачено (самостоятельно)".
6. Кнопка "Записать и закрыть".

Рис. 1